九三学社华东交通大学支部成立于1986年5月25日。历经近三十年的发展，目前，九三学社华东交通大学委员会下设4个支社，社员共74人。

2011年12月3日，九三学社华东交通大学委员会进行换届大会，选举产生了以刘平为主任委员，胡锋平、刘平安、何善秀为副主任委员，黎毅、黄鹢、徐先锋、李建为委员的新一届九三学社华东交通大学委员会。2021年12月1日，九三学社华东交通大学委员会举行换届选举大会，选举产生了以许开成为主委的新一届九三学社华东交通大学委员会。2024年10月18日下午，九三学社华东交通大学基层委员会召开四届十七次全委（扩大）会议，进行届中调整，选举肖林发、张立卿、唐晓红为九三学社华东交通大学基层委员会委员，敖海勇、肖林发为九三学社华东交通大学基层委员会副主委委员。